实验室运行管理依照“新疆维吾尔自治区重点实验室建设与运行管理办法”的相关规定执行，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。

（1）实行英国威廉希尔公司领导下的主任负责制，实验室主任负责实验室的全面工作，实验室副主任负责实验室的日常管理服务。

（2）实行学术委员会指导制，学术委员会负责研究审议重点实验室的目标、研究方向、重大学术活动、流动人员的推荐等。在学术委员会主任的领导下决定实验室研究方向，审定“研究基金申请指南”，审定课题，决定研究基金金额，监督经费使用，对影响实验室发展和提出的重大问题进行决策和指导。定期听取实验室主任的年度工作总结，并进行评议。

（3）本实验室将设立研究课题资助基金制。重点实验室的研究基金主要从科研基金中拨给，同时积极从其他方面筹集。国内外科研人员科研根据本实验室的研究方向和研究条件申请课题，经实验室学术委员会评审批准，可以获得本实验室的科研基金资助，并可在本实验室开展研究工作。实行课题管理制，由课题组主持人全面负责相关课题的组织与实施。重点实验室对各课题负责人用目标责任制进行管理。

（4）完善并加强对研究成员的考评，实行优胜劣汰，促进成员自我提升的主动性，保持研究队伍的活力，形成团结合作又适度竞争的学术氛围，促进实验室成员与实验室共同发展。

（5）建立和完善规章制度，充分发挥制度的引导作用。加强日常管理，提高仪器设备的利用率和共享率。加强实验室信息化工作，建立内部信息管理系统。

（6）加强知识产权保护，加强学术道德建设与监管，打造一支具有较高学术水平、富有创新意识、团结进取、生机勃勃、在国际上具有一定影响力的学术团队。

（7）开展经常性、多样性的学术活动，加大与国内外内行的合作与交流，营造宽松民主、潜心研究的科研环境。

（8）重点实验室的建设经费由学校财务部门统一管理，必须做到专款专用，主要用于教学科研条件的改善，学科梯队建设，高层次人才培养和学术交流，特别是学术带头人和学术骨干的培养和引进。任何情况下不得挪作他用。